A Magyar Agrár- és Élettudományi Egyetemen 22 intézet működik, melyek ellátják az oktatási, kutatási, művészeti és innovációs alaptevékenységeket campusokon átívelően. Az intézetek indítják az általuk művelt tudományterületekhez kapcsolódó szakokat, képzési programokat. Szorosan együttműködnek hazai és nemzetközi partnerintézményekkel, ágazati szereplőkkel, oktatóik és kutatóik pedig jelentős pozíciókat töltenek be hazai és nemzetközi szakmai szervezetekben és rendszeresen publikálnak vezető folyóiratokban. Az Egyetem számos hazai és nemzetközi szinten elismert professzort és MTA-tagot foglalkoztat, amely biztosítékot jelent a magas színvonalú oktatási és kutatási projektek megvalósításához.
A MATE kutatási portfóliójában kiemelt fontossággal bírnak az agrár-, műszaki és élelmiszertudományok, a borászat és szőlőtermesztés, a kertészet, a környezet- és tájgazdálkodás, a megújuló energiagazdálkodás, az akvakultúra és környezetbiztonság, a genetika, növénytermesztés és -védelem, az állattenyésztés és a vadgazdálkodás, a tájépítészet, a vidékfejlesztés és a vízgazdálkodás. E szakterületekhez kötődően az Egyetemen 12 doktori iskola működik, melyek számos lehetőséget biztosítanak a nemzetközileg elismert tudományos fokozat megszerzésére.